Il suo nome è di dubbia origine e rimanda ad un' associazione legata o alla numerosa presenza di capre selvatiche o alla conformazione del terreno particolarmente pietroso. Tra le varie ipotesi trovano credito un' origine Greca con il nome Aegilon ( isola delle capre ), una Etrusca con il nome  Capre ( pietra ) ed una Romana con il nome Capraia, che come i Greci metteva in risalto la presenza della specie animale. Le vicende storiche legate all' isola seguono lo stesso percorso dell' arcipelago a cui appartiene. Nel periodo immediatamente successivo alla caduta dell' impero Romano gli unici abitanti furono dei monaci eremiti a cui si deve la prima chiesa cristiana dell'isola , quella di Santo Stefano. Scacciati dalle continue incursioni piratesche l'isola cade in mano ai Saraceni per passare nei secoli successivi attraverso la dominazione dei Pisani , dei Genovesi e dei Francesi. I primi sistemi fortificati risalgono all'epoca delle Repubbliche Marinare con l'edificazione prima ed il potenziamento poi del forte di San Giorgio e delle varie torri disseminate nei punti strategici delle sue coste. Nel 1873 il nuovo Regno Italiano realizza sull'isola una colonia penale chiusa definitivamente nel 1986. Oggi l'isola è un' importante meta turistica soprattutto per gli appassionati di sport subacquei.