Di antichissima era geologica grazie alla sua posizione strategica è stata abitata fin dall'età della  pietra, come testimoniano recenti ritrovamenti. Successivamente entra a far parte integrante del territorio controllato dalla civiltà Etrusca ma è solo con l'avvento della famiglia romana dei Domizi Enobarbi ( la stessa che controllava anche Giannutri ) che l'isola assurge ai fasti della storia ( numerose sono le testimonianze letterarie dell'epoca ). A questa epoca risalgono la costruzione di un'importante villa ( andata pressoché perduta ), la canalizzazione delle fonti di acqua dolce e la costruzioni di porti commerciali che ne fanno in breve tempo uno dei punti di riferimento per i trasporti marittimi. Con l'avvento del cristianesimo l'isola  viene interessata dal fenomeno del monachesimo eremitico alimentato anche dal clamore suscitato dal passaggio di San Mamiliano. Successivamente si ritrovano notizie dell'isola in un atto di donazione del 805 in cui Carlo Magno ne fa dono all'Abbazia romana delle Tre Fontane, da questo momento la proprietà dell'isola attraversa un periodo movimentato passando sotto il controllo di varie famiglie nobili tra cui gli Orsini e gli Aldobrandeschi.  Nel 1264 l'isola  entra sotto il controllo della repubblica Pisana a cui si deve la costruzione e fortificazione della rocca di Giglio Castello, avamposto contro le scorribande dei pirati saraceni.  Inizia così un periodo di relativa tranquillità che contribuisce in maniera determinante allo sviluppo dell'economia dell'isola. Nel 1362 i Fiorentini espugnano la fortezza di Giglio Castello ponendo fine al controllo pisano dell'isola. Durante i secoli successivi proseguirono le scorribande dei pirati agevolate anche dalla mancanza di un adeguato  presidio armato. Nella più sanguinosa , guidata dal pirata Barbarossa  nel 1544, la maggior parte degli abitanti dell'isola venne deportata e l' economia dell'isola entrò in un periodo di forte depressione.  Gli assalti dei pirati Turchi terminano agli inizi del 1800 consentendo così una graduale ripresa dello sviluppo economico e sociale sull'isola. Risale a  questo periodo lo sfruttamento delle risorse minerarie e la riapertura delle antiche cave di granito. Dopo un periodo di crisi, dovuto in parte anche alla chiusura delle miniere negli anni '60, l'isola rifiorisce a nuova vita soprattutto grazie al fenomeno turistico che inizia a scoprirne e a valorizzare la sua bellezza.