La storia dell'isola ha origini antiche, come le altre isole dell'arcipelago, anche se non si dispone di informazioni documentate relativamente ad insediamenti stabili sul suo territorio in epoca remota. Sicuramente conosciuta dai Greci gli Etruschi ed i Romani, che di volta in volta la battezzarono Egilora Urgon o Gorgon,è  solo con le prime comunità monastiche medievali dei Certosini e dei Benedettini che il suo nome entra stabilmente nella storia. Grazie all'attività dei monaci la terra viene resa coltivabile consentendo all'economia dell'isola di svilupparsi e crescere. Nel 1283 l'isola diventò proprietà di Pisa, che costrui la prima fortificazione che si conosca quella di Torre Vecchia, in seguito alla guerra con i Medici  nel 1406 passò sotto Firenze per tornare tempo dopo sotto il controllo dell'ordine monastico dei Certosini. Nell'800 l'isola entra nella sfera d'influenza del Granducato di Toscana, che la popola a forza spostando intere famiglie, in questo periodo la sua economia da agricola si sposta gradualmente verso un' attività prevalentemente marinara incentrata sulla pesca. Attualmente l'isola è una colonia penale ed è visitabile solo rivolgendosi alla Cooperativa Parco Naturale "l'isola di Gorgona" autorizzata dal Ministero di Grazia e Giustizia. Di interessante da vedere sull'isola c'è la Torre Vecchia, la Torre Nuova ed alcune grotte marine tra cui quella del Bue Marino, antico rifugio naturale delle foche monache.