Non si hanno notizie documentate di insediamenti permanenti in epoca antica, le prime fonti storiche risalgono al V secolo quando sull' isola si stabilì una comunità di monaci cristiani. A questo periodo risale la costruzione dell' Abbazia di San Mamiliano, che la tradizione attribuisce allo stesso Santo in fuga dalle persecuzioni anticristiane di Gianserico. La chiesa interna, dedicata al Cristo Salvatore, è rimasta in buono stato di conservazione. La fama del Santo si diffuse rapidamente e l' Abbazia, grazie a lasciti ed elargizioni, inizio ad arricchirsi acquistando un certo potere. Agli inizi del VIII secolo il convento, assaltato e distrutto dalle incursioni dei pirati musulmani, perse parte della sua potenza  pur riuscendo a rimane indipendente dai vari potentati che si sono succeduti nel dominio dell'isola. Così l'isola passò dai pisani ai genovesi, alla famiglia Appiani e Ludovisi Boncompagni, alla Francia, e dal 1814 al Granducato di Toscana entrando con questo nel Regno d'Italia. Certamente l'isola deve la sua fama al romanzo di Alexandre Dumas, dove sono narrate le peripezie di alcuni detenuti alla ricerca di un favoloso tesoro. Il romanzo prende spunto da una leggenda anticamente custodito dai monaci e protetto nei recessi di una grotta. Gli studiosi suppongono che il mitico tesoro reso protagonista da Dumas fosse costituito in realtà da suppellettili e arredi sacri, e che ad impadronirsene fossero stati i pirati capeggiati da Dragut circa tre secoli prima della data favoleggiata dal romanziere